Um programa de mestrado é composto por disciplinas e o desenvolvimento de uma dissertação. Usualmente, a dissertação é um trabalho experimental apresentado para uma banca composta por doutores. O programa de mestrado do Centro Universitário do IMT é composto de seis disciplinas e seis módulos de dissertação. Duas disciplinas são obrigatórias e quatro são eletivas, selecionadas em função do tema da dissertação que o aluno optar.

Para participar do programa é necessário ter a formação em engenharia ou em áreas correlatas, como tecnólogos de exatas. Para a inscrição é necessário enviar e-mail para mestrado@maua.br com os seguintes documentos: curriculum vitae, carta de recomendação, formação acadêmica e atuação profissional. As aulas ocorrem à noite uma vez por semana, das 18h30 às 22h30, no Campus de São Caetano do Sul. A parte experimental pode ser feita nesse horário ou em finais de semana e o material disponibilizado depende do professor. A CAPES recomenda que o programa seja feito em dois anos, mas no CEUN-IMT pode ser concluído em até quatro anos.

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